Ціль філії — забезпечення медичного обслуговування засуджених та осіб, узятих під варту, а також санітарно-епідеміологічного нагляду в установах виконання покарань і слідчих ізоляторах регіону. До структури філії входять медичні частини та лікарняні заклади, де працюють фахівці різних медичних спеціальностей (наприклад, фтизіатри, хірурги, терапевти, психологи тощо). Філія реалізує державну політику у сфері охорони здоров’я в місцях несвободи, а також організовує профілактичну діяльність, медичну допомогу та моніторинг стану здоров’я пацієнтів відповідно до законодавства України.